Thực hiện việc hạn chế phương tiện giao thông công cộng để phòng chống dịch Covid -19, hiện nay, mỗi ngày, tại Ga Quảng Ngãi chỉ còn một đôi tàu SE3/SE4 dừng đón, trả khách. Hành khách lên xuống tàu đều phải khai báo y tế, kiểm tra thân nhiệt để kịp thời phát hiện, cách ly các trường hợp sốt cao, nghi ngờ dịch bệnh.